꿈많은 소년 11세 펠릭스는 새 직장때문에 미국으로 떠난 엄마를 그리워하며 아빠와 단둘이 살고 있다. 전에 다니던 학교에서 시험 중에 휴대폰 게임을 하다 걸려 퇴학을 당한 펠릭스는 새로 오토 레온하트 학교에 전학을 가게된다. 전학 첫날부터 지각을 하게된 펠릭스는 원리원칙을 고집하는 슈미트 교장선생님에게 입학시험을 통과하지 못하면 입학시켜줄 수 없다며 성취도 평가를 받는다. 한편, 새로운 학교생활에 얼른 적응하고 싶어하는 펠릭스는 반 친구인 마리오와 그 무리들이 자신들과 친구가 되고 싶다면 유령이 나온다는 구 교무실에 들어갔다가 나오는 담력 시험에 통과해야 한다는 제안에 밤 늦은시간에 홀로 아무도 없는 학교로 몰래 들어간다. 하지만, 학교를 순찰 중이던 슈미트 교장선생님에게 들키게 되고 그녀에게서 도망치려고 소원을 빈 순간, 슈미트 선생은 손바닥만하게 작아져 버린다. 갑자기 작아져버린 슈미트 선생님을 데리고 집에 돌아온 펠릭스는 그녀를 원래 크기로 되돌려 보려 하지만, 뜻대로 되지 않는다. 설상가상으로 학교가 폐교될 위기에 처하자 펠릭스는 그녀와 함께 오토 레온하트 학교를 구하기 위한 작전을 세우기 시작한다.